疾病是造成目前仔猪下痢问题的最根本原因，如大肠杆菌、梭菌、沙门氏菌、轮状病毒、猪瘟病毒、流感病毒、传染性胃肠炎病毒(TGE)，皆是常见的病原。适当的用药，加强消毒及管理、母猪实施预防注射，仔猪补充电解质及维生素，都是有效的防治方式。
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